Zurzeit hat die Kirchengemeinde Hesserode 173 Gemeindemitglieder und gehört damit zu den kleineren Gemeinden im Kirchkreis. Sie gehört als selbstständige Kirchengemeinde zum Pfarrsprengel Werther/Hesserode zusammen mit sechs anderen Gemeinden, die zum Teil, wie Hesserode, kommunal zur Stadt Nordhausen gehören. Die anderen Gemeinden  sind Dörfer der Gemeindeverwaltung Werther. Der Pfarrsprengel gehört wiederum zum Kirchenkreis Südharz in der Propstei Erfurt/Nordhausen. Die Propstei wiederum zur Evangelischen Kirchenprovinz Sachsen, die sich in naher Zukunft mit der Evangelisch-Lutherischen Kirche Thüringens zur Evangelischen Kirche Mitteldeutschlands zusammenschließt.

An der Ostseite der Kirche über die Strasse liegt das Pfarrhaus. Seit 1997 ist Hesserode selbst nicht mehr Pfarrsitz. Der zuständige Pfarrer wohnt in Großwechsungen. Aber in den Gemeinderäumen finden die kirchlichen Veranstaltungen weiterhin statt, so wie der monatliche Kirchenkaffee, Gottesdienste im Winter und Einzelveranstaltungen, zu denen alle Gemeindemitglieder des Pfarrbereichs eingeladen  sind.

Vor allem mit der Unterhaltung der beiden kirchlichen Gebäude ist der Gemeindekirchenrat beschäftigt und damit bemüht diese Zeugnisse kirchlicher Anwesenheit in Hesserode zu erhalten.

Der kircheigene Friedhof wurde zu Beginn 2006 in die Verwaltung der Stadt Nordhausen übergeben.